Что лучше приобрести сканер отдельно? Или в комплекте копир-принтер-сканер?

Смотря для каких целей. Что собираетесь сканировать и печатать?

Для дома я бы однозначно взял комбайн. Это ж какая экономия места!
Правда, я сомневаюсь, что в комбайнах бывают хорошие слайд-модули, но они не всем и нужны (мне, например, уже нет ).

Сканер в комбайне обычно 600х600, иногда с интерполяцией до 4800х4800. Заточен больше под ч.б. печать.